Tras la muerte de su madre Ishwari, Ajay Ghale regresa a Kyrat, su país nativo, a cumplir el último deseo de su madre: llevar sus cenizas con Lakshmana. Sin embargo, su misión se ve interrumpida cuando el autobús en el que viaja es atacado por el Ejército Real y Ajay es tomado como prisionero por Pagan Min, el rey excéntrico y violento del país. Al encontrar una salida de la mansión de Pagan, Ajay escapa con la ayuda de Sabal, un comandante de la Senda Dorada, un movimiento rebelde establecido por Mohan Ghale, el padre de Ajay. Ajay no puede salir del país porque el Ejército Real tomó el control del único aeropuerto de Kyrat y cerró todas las fronteras.
En los aproximadamente veinte años desde que Ishwari y Ajay huyeron de Kyrat, la rebelión se vio estancada y la Senda Dorada luchaba a duras penas por su propia existencia. Como hijo de Mohan Ghale, Ajay se convierte en un símbolo seguido por la Senda Dorada. Tras rescatar a un grupo de rehenes y liberar territorios dominados por Pagan, la Senda Dorada planea debilitar el poder del rey atacando a sus tres gobernadores regionales: Paul "De Pleur" Harmon —quien supervisa la producción de opio y administra las cámaras de tortura de Pagan— Noore Najjar —quien administra los anillos de prostitución y caza furtiva y fue víctima de la crueldad de Pagan, quien había secuestrado a su familia— y Yuma Lau, la hermana adoptiva y confiable general de Min que está obsesionada con descubrir los secretos del plano místico de Shangri-La.
Sin embargo, el renacer de la Senda Dorada se ve amenazado por una profunda división entre sus comandantes: Sabal —quien defiende valores tradicionales— y Amita —que apuesta por valores más progresistas, que incluyen confiar fuertemente en el narcotráfico. Ajay se ve obligado a intervenir en varias ocasiones, y sus decisiones influencian la dirección a tomar por la Senda Dorada. El primer gobernador en caer es De Pleur, cuando Noore ayuda a Ajay a infiltrarse en su base y permitir que la rebelión lo capture. Amita y Sabal luego le encargan a Ajay que confronte y asesine a Noore. Noore muere en su arena de combate, ya sea asesinada por Ajay o suicidándose al descubrir que Pagan ya había ejecutado a su familia varios años atrás.
Mientras la Senda Dorada asegura las provincias sureñas de Kyrat, Ajay es contactado por Willis Huntley, un agente de la CIA que le ofrece información de inteligencia para los rebeldes y páginas del diario de su padre a cambio de matar a los tenientes de Yuma. Luego de que Ajay mata a varios de ellos, Huntley admite que en realidad eran activos de la CIA, y que lo habían enviado a atar cabos ya que la organización no consideraba más a Pagan como una amenaza. Huntley traiciona a Ajay y lo entrega a Pagan justo cuando la Senda Dorada se prepara para incursionar en el norte de Kyrat.
