La campaña comienza con dos personas muriendo a manos de los revientapechos que salen de ellos en un laboratorio del planeta BG-386, controlado por la Corporación Weyland-Yutani, al momento que los científicos acuden a asegurar los especímenes uno de ellos emerge por la boca de su huésped, por lo que el encargado de la investigación en el planeta, el Doctor Groves gasea la habitación para así evitar el escape del alienígena, pero Karl Bishop Weyland se lo impide diciendo que le gusta este y lo marque para el programa, el revientapechos es capturado y marcado con el número seis. El Espécimen 6 crece y muestra sus capacidades como xenomorfo adulto durante el tutorial, pero su reina, la Matriarca (denominada así por su avanzada edad, supuestamente varios miles de años), le ordena escapar pero sus intentos son fallidos ya que es recapturado y Groves le advierte que no lo intente de nuevo, mientras tanto Weyland abre una antigua pirámide bajo el laboratorio y su apertura causa un pulso electromagnético que desactiva todos los circuitos eléctricos del lugar, liberando a 6. Tras su escape, 6 procede a liberar al resto de los xenomorfos bajo órdenes de su reina para luego liberarla a ella eliminando a todos los humanos del laboratorio y escapando de este.
Tiempo después del escape se ve que la colonia, Freya's Prospect, también propiedad de Weyland-Yutani, fue afectada por los xenomorfos, ya que la Matriarca estableció una nueva colmena en la refinería y resultando en la llamada del Cuerpo de Infantería de Marina Colonial de los Estados Unidos para controlar y erradicar la infestación. A la llegada de los Marines toda la colmena despierta de nuevo, ya que permanecieron dormidos por la falta de huéspedes y 6 se une a la caza matando a los Infantes e infectando a civiles para crear más xenomorfos. Ya en las ruinas, el Espécimen 6 elimina a los androides traídos por la Corporación e infecta también a los arqueólogos contratados por Weyland para descifrar el significado de estas, avanzando por las antiguas edificaciones 6 llega a una arena de combate donde derrota a dos
