En 1492, Andalucía, durante la guerra de Granada, Aguilar de Nerja (Michael Fassbender) es aceptado en la Hermandad de Asesinos. Está asignado a proteger al príncipe Ahmed (Kemaal Deen-Ellis) de Granada de los Caballeros Templarios. En 1986, el adolescente Callum "Cal" Lynch (Angus Brown) encuentra a su madre Mary (Essie Davis) asesinada por su padre, Joseph (Brian Gleeson), un Asesino moderno. Hombres armados liderados por Alan Rikkin (Jeremy Irons), CEO de Abstergo Industries de los Templarios, llegan para capturar a Joseph, quien convence a su hijo para que escape.
En 2016, Cal (Michael Fassbender) es condenado a muerte por asesinar a un chulo, pero su ejecución es falsificada por Abstergo Industries, que luego lo lleva a su centro de investigación en Madrid. Le dicen que los templarios están buscando el Fruto del Edén para eliminar la violencia usando el código de Fruto para controlar el libre albedrío de la humanidad. Sophia (Marion Cotillard), la hija de Alan y el científico principal, revela que Cal es un descendiente de Aguilar, la última persona que se confirmó que estaba en posesión del Fruto. Ella pone a Cal en el Animus, una máquina que le permite revivir (y los científicos observar) los recuerdos genéticos de Aguilar, para que Abstergo pueda aprender lo que hizo con el Fruto.
En España del siglo xv, Aguilar y su compañera María (Ariane Labed) son desplegados para rescatar a Ahmed, quien ha sido secuestrado por el Gran Maestro Templario Tomás de Torquemada (Javier Gutiérrez), para coaccionar al padre de Ahmed, el sultán Muhammad XII (Khalid Abdalla), para que entregue el Fruto. Aguilar y María interceptan a los templarios, pero son vencidos y capturados por Ojeda (Hovik Keuchkerian), el ejecutor de Torquemada. Cal es rápidamente sacado del Animus por Sophia.
