El jugador asume el papel del protagonista, Alex Shepherd, un soldado de las Fuerzas Especiales que vuelve a su casa luego prestar servicio militar en el extranjero, y descubre que su padre y su hermano están desaparecidos, y que su madre se encuentra en estado de catatonia. Alex empieza a buscar a su hermano, y eso lo lleva a Silent Hill, luego de haber buscado en su pueblo, Shepherd's Glen. En general, la jugabilidad es similar a la de las demás entregas de la serie. El jugador, como Alex, explora diversos ambientes y lugares en busca de pistas para avanzar en la trama. Entre estas están las fotografías, los dibujos y otros objetos que son colocados dentro del diario de Alex. Para ayudar al jugador, Alex gira su cabeza hacia objetos y pistas para informar que estos pueden ser recogidos; entre otros objetos recurrentes, están las armas, municiones, y bebidas saludables, que emiten un resplandor como una señal visual para el jugador. Los puzles también desempeñan su papel en el juego, y el diario de Alex se puede utilizar para hacer referencia a las fotografías y a otros elementos que pueden ayudar al jugador a descifrar los rompecabezas. Además, por primera vez en la serie, el jugador puede seleccionar respuestas al participar en el diálogo con otros personajes, que su vez puede afectar la manera en que la trama se desarrolla.
Además de la exploración, el combate es otro elemento importante para el juego, y el jugador debe luchar contra los distintos monstruos que aparecen. En contraste con los protagonistas de los juegos anteriores, en Homecoming Alex tiene en cuenta la experiencia de ser soldado. El jugador es capaz de realizar fuertes ataques, o combinar ataques para realizar uno más fuerte,
